Analyses NGS avec R

Informations générales

• Type : Stage
• Thème : Biologie
• Compétences visées : Enseignement

Objectifs

\- Savoir analyser des séquences venant de reads NGS
\- Savoir déterminer les ARN messagers différentiellement exprimés à l’aide de données RNA-seq
\- Être capable d’enrichir les résultats en utilisant des bases de connaissances

Programme

Cette formation introduira les paquetages Bioconductor permettant l’analyse de données issues du
séquençage nouvelle génération.
\- Rappels des concepts du séquençage NGS
\- Les outils d’annotation et de conversion d’identifiants
\- L’analyse des reads et du résultat d’alignement
\- L’analyse d’expression différentielle en RNA-seq
\- Les techniques d’enrichissement
\- Les outils de visualisation pour les NGS


La fin du stage (2 h) sera consacrée à un atelier pédagogique d'analyse et de réflexion sur les données
apportées par les stagiaires.

Pré-requis

Maîtrise du langage R
Avoir suivi le stage "Langage R : introduction" ou niveau équivalent.
Afin de vérifier que votre maîtrise du langage R est suffisante pour pouvoir suivre ce stage, nous vous
invitons à effectuer et à renvoyer le test téléchargeable sur notre site internet.

Informations utiles

\- Alternance de présentations (50 %)
suivies de travaux pratiques basés sur des
jeux de données réels (50 %)
\- 2 intervenants en simultané pour les TD
Tout au long de la formation, des QCM
permettront aux stagiaires d’évaluer
l’acquisition des compétences