Acquérir les bases théoriques du traitement et de l’analyse d’images (Cours)
Mettre en pratique ces bases théoriques au moyen du gratuiciel ImageJ/Fiji (TD/TP)
* Concepts systématiquement abordés/tronc commun :
* Jour 1 : ImageJ pour l’illustration scientifique :
* Qu’est-ce qu’ImageJ/Fiji ? Historique, variants et installation.
* Qu’est-ce qu’une image ? Notion de format d’image.
* Qu’est-ce que l’histogramme d’une image ? Comment le modifier ?
* Superposer plusieurs images d’une même scène : notion d’image composite, notion de table de couleurs.
* Comment monter simplement une planche d’images ? Installation et utilisation du greffon FigureJ.
* Jour 2 : ImageJ pour l’analyse d’images
* Faire le lien entre pixels/voxels et dimensions physiques : notion de calibration.
* Préparer l’image pour l’analyse d’objets : notion de filtres spatiaux.
* Détourer et individualiser des objets : délimitation de régions d’intérêt, notion de segmentation.
* Réaliser des mesures simples : caractériser l’intensité et/ou la forme de régions d’intérêt.
* Réaliser une analyse morphométrique automatisée d’objets : extraire des grandeurs caractéristiques pertinentes.
* Concepts pouvant être abordés, sur demande des participants :
* Jour 3 : Théorie et mise en pratique spécifique aux problématiques des participants :
* Le cas des images couleur : notion d’espace colorimétrique, segmentation.
* Images 3D : manipulation et/ou visualisation et/ou quantifications.
* Introduction à l’automatisation de tâches : notion de traitement par lots.
Théorie et travaux pratiques
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